Om de kaarten maar meteen op tafel te leggen: de rakettencrisis in oktober 1962 was slechts een fase in de veel langer durende en meer omvattende Cubacrisis. De acute rakettencrisis heeft de Cubacrisis naar de achtergrond gedrongen. In deze langdurige Cubacrisis was de rol van de VS die van agressor.
Cuba was na de Spaans-Amerikaanse oorlog in 1898 onafhankelijk geworden. De Amerikaanse strijdkrachten werden echter pas van het eiland teruggetrokken nadat Cuba de voorwaarden van het Platt-amendement had aanvaard. Dat gebeurde per verdrag van 22 mei 1903. De VS kreeg het recht om marinebases te vestigen (Guantánamo Bay) en zelfs om eenzijdig in Cuba in te grijpen op de terreinen van behoorlijk bestuur en veiligheid. In ruil daarvoor verlaagde de VS de heffingen op de uit Cuba geïmporteerde suiker. Daarmee was de Amerikaanse dominantie op het eiland vaste praktijk geworden. Cuba diende zich te voegen naar de wensen van haar machtige buurman in het noorden. Amerikaanse investeerders kochten veel Cubaanse suikerplantages op. Daar bleef het niet bij. Bijna alle veehouderijen, 90% van de mijnen, 80% van de nutsbedrijven en nagenoeg de hele olie-industrie waren in 1959 in handen van Amerikaanse ondernemingen, aldus niemand minder dan presidentskandidaat Kennedy in een verkiezingstoespraak op 6 oktober 1960. Voor de import was Cuba voor 2/3 op deze ondernemingen aangewezen. Economisch gezien was Cuba een kolonie van de VS geworden. De onafhankelijkheid was slechts een onafhankelijkheid in naam. Een situatie die voor de VS vanzelfsprekend was maar die vanuit Cubaans perspectief om problemen vroeg.
In de jaren vijftig van de vorige eeuw was Fulgencio Batista de president van Cuba. Hij was eerst een periode democratisch gekozen president (1940-44) geweest, maar kwam was in 1952 via een staatsgreep opnieuw aan de macht. Hij trad op als dictator. Het was een regime van armoede en onrecht. De politieke vrijheden, waaronder het stakingsrecht, werden geschrapt. Batista sloot niet alleen een alliantie met de rijke landeigenaren en de Amerikaanse ondernemingen (hij kreeg van het Amerikaanse telecommunicatiebedrijf ITT een gouden telefoon) maar ook met de georganiseerde misdaad in de VS. Behalve semi-kolonie van de VS werd Cuba nu ook filiaal van de Amerikaanse maffia. Havana werd een geliefd vakantieoord met gokpaleizen en huizen van plezier, waar alles kon wat in het preutse Amerika verboden was. Wie in de VS een casino wilde openen, diende een verklaring omtrent gedrag voor te leggen; die verplichting bestond in Cuba niet. Havana kreeg de beruchte reputatie van Latin Las Vegas en van het grootste bordeel van het westelijk halfrond. De kloof tussen rijk en arm in Cuba groeide, maar voor de maffia werd het land één grote witwasmachine. De Amerikaanse ambassadeur was de op één na machtigste persoon in Cuba. Er was eigenlijk een permanente Cubacrisis aan de gang. Het grootste deel van de bevolking was immers straatarm. Een rijke bovenlaag beheerste 43% van het nationale inkomen.
Voor het Amerikaanse buitenlandse beleid was het echter voldoende dat Batista een anticommunist was. Bijna alle Amerikaanse steun werd verleend in de vorm van wapenleveranties; de steun kwam niet ten goede aan de bevolking. Batista had vanwege een tegen hem gerichte poging tot staatsgreep zijn officierskorps gezuiverd en uitgedund. Daarmee was een effectieve bestrijding van de guerrillastrijders van Fidel Castro en de zijnen onmogelijk geworden. Zij waren als gezelschap van 19 revolutionairen in december 1956 uit hun ballingschap in Mexico weer in Cuba aangekomen. Zij kregen de overhand in het oosten van Cuba. Na jaren van terreur, martelingen en executies werd het eindelijk ook voor de VS duidelijk dat Batista niet meer te handhaven was. In maart 1958 beëindigde de VS de wapenleveranties. Op 11 december 1958 deelde de VS-ambassadeur aan Batista mee dat hij het veld moest ruimen. Dat deed Batista op 1 januari 1959, nadat hij eerst een greep van 300 miljoen dollar in de Cubaanse schatkist had gedaan. Hij vond een toevlucht in het Portugal van zijn mede-dictator Salazar. Hij werd toegelaten onder de voorwaarde dat hij zich niet met politiek zou bezighouden, en stierf in 1973 in Spanje.
Op 16 februari 1959 kwam Fidel Castro aan de macht. Hij hield grote opruiming in de Amerikaanse casino’s en bordelen. Ook kondigde hij landhervormingen af en voerde hij een huurverlaging en een minimumloon in. De gezondheidszorg en het onderwijs werden uitgebreid. Aanhangers van Batista werden gezuiverd; honderden werden geëxecuteerd en vele bevoorrechte Cubanen sloegen op de vlucht. De Cubaanse revolutie was in volle gang. Eisenhower erkende de nieuwe regering. Castro bracht in april 1959 een bezoek aan de VS. Hij moedigde Amerikaanse investeringen in Cuba aan en beloofde voor investeerders kortingen op de belastingen.
De kersverse Cubaanse ballingen in de VS wilden echter niets van een toenadering tussen de VS en Cuba weten en gingen over tot clandestiene acties tegen Cuba. Zij speelden een rol die te vergelijken is met die van de Heimatvertriebene in Duitsland. Binnen een jaar was ook Eisenhower er van overtuigd geraakt dat Castro weg moest. Op 17 maart 1960 keurde hij een geheime CIA-actie goed: de Cubaanse middenstanders die massaal naar de VS waren uitgeweken zouden de manschappen leveren voor een invasie op Cuba. De CIA zou voor de training en het transport zorgen. Het feit van de invasie alleen al, zo was althans de verwachting, zou voldoende zijn om de Cubaanse bevolking massaal tegen het regime van Castro in opstand te laten komen. De wens was de vader van de gedachte.
Castro was begonnen toenadering te zoeken tot de Sovjet-Unie. De suikerplantages werden genationaliseerd. Toen de oliemaatschappijen weigerden om door de Sovjet-Unie geleverde olie te verwerken, nationaliseerde Castro deze ondernemingen ook. In 1961 wierp Castro zich op de conferentie van niet gebonden landen in Belgrado op als leider van een nieuw revolutionair communisme in de derde wereld. De Cubaanse suiker vond in de Sovjet-Unie een nieuw afzetgebied. In maart 1960 waren de eerste wapenleveranties uit het Oostblok op het eiland aangekomen. Sinds 8 mei 1960 waren er diplomatieke betrekkingen tussen Havana en Moskou. De Sovjets waren enthousiast over het potentieel dat Castro leek te bieden.
De VS kondigde in februari 1962 een economische boycot tegen Cuba af. Een maand eerder had de Organisatie van Amerikaanse Staten (OAS) Cuba van de ledenlijst geschrapt. De VS genoot weinig steun op het eiland, omdat het lot van de gewone bevolking geen aandachtspunt van het Amerikaanse beleid was geweest. Feitelijk bleven de Amerikanen Cuba als hun achtertuin beschouwen en de werkelijkheid van de Cubaanse revolutie ontkennen. Een modus vivendi tussen het Amerikaanse buitenlandbeleid en de Cubaanse revolutie was voor de VS onmogelijk. In zijn verkiezingstoespraak gaf Kennedy de gemiste kansen en gemaakte fouten wel in bedekte termen toe, maar hij bleef een onderscheid maken tussen de wensen van het Cubaanse volk en het regime van Castro. Dat deze wel eens samen konden vallen, was voor de opinie van de VS ondenkbaar.