Er was al een jarenlange Cubacrisis aan de gang, voordat in oktober 1962 de rakettencrisis uitbrak (die voor veel mensen de “eigenlijke” Cubacrisis is geworden). Vreemd genoeg wordt Cuba ook in de geschiedschrijving over deze rakettencrisis slechts als achtertuin behandeld. Cuba zelf speelt in het dominerende geschiedverhaal nauwelijks een rol; het is alleen maar toneel waarop of achtergrond waartegen de crisis tussen de VS en de Sovjet-Unie over de kernraketten zich afspeelde. Cuba was slechts een parkeerplaats voor andermans raketten.
Eerst was in het geschiedverhaal het Amerikaanse perspectief leidend vanwege de heiligenverering rond de vermoorde Kennedy, die naar het scheen de rakettencrisis zo briljant en koelbloedig had afgehandeld. Na de val van het IJzeren Gordijn werd de visie realistischer, omdat het perspectief vanuit de Sovjet-Unie zichtbaar werd. Maar Cuba zelf werd over het hoofd gezien: er was geen Cubaans verhaal. De bestaande geschiedschrijving geeft vaak de imperiale en koloniale machtsverhoudingen en vanzelfsprekendheden weer. De eerste conferentie van een gezamenlijk Amerikaans-Russisch onderzoeksproject naar de rakettencrisis was een groot succes. Toen de Amerikaanse onderzoekers voor de vervolgconferentie in Moskou arriveerden, bleken de Russen ook Cubaanse onderzoekers te hebben uitgenodigd. De Amerikanen hadden daar bezwaar tegen omdat het onderzoek door Cubaanse deelname in politiek vaarwater terecht zou komen (!). Het onderzoek was natuurlijk allang gepolitiseerd door het uitsluiten van het Cubaanse perspectief.
Cuba had wel degelijk goede redenen om zich door de VS militair bedreigd te voelen. De al door Eisenhower goedgekeurde invasieplannen werden op 28 januari 1961 aan president Kennedy ter goedkeuring voorgelegd. Hij gaf opdracht om het project voort te zetten en over de voortgang ervan te rapporteren. Het definitieve plan om de invasie op de stranden van de Varkensbaai aan de zuidkust van Cuba uit te voeren is op 4 april door Kennedy goedgekeurd. Op 17 april 1961 vond de invasie plaats. De onderneming werd een jammerlijke mislukking. De gewone Cubanen kwamen niet in opstand, maar schaarden zich massaal achter Castro tegen het Yankee imperialism. De militaire reactie van de Cubaanse strijdkrachten op de invasie bleek veel krachtiger dan verwacht. Het geven van rechtstreekse luchtsteun aan de invasie was onmogelijk, omdat in dat geval de betrokkenheid van de VS zichtbaar zou worden.
Deze betrokkenheid kwam toch wel uit, en meer dan duizend strijders werden gevangen genomen. De overlevenden werden vlak voor Kerst 1962 vrijgelaten en naar Miami overgevlogen, in ruil voor een leverantie van 53 miljoen dollar aan voedsel en geneesmiddelen. De leverantie werd voor een deel gefinancierd door Amerikaanse ondernemingen (die als tegenprestatie van de regering een korting op hun belastingaanslag kregen). Bobby Kennedy was verantwoordelijk voor deze geheime operatie met de codenaam habeas corpus. Een clandestien plan om het geleverde toiletpapier aan de binnenzijde met het portret van Castro te bedrukken, werd op last van de CIA tegengehouden. Een aantal Amerikaanse piloten die aan de invasie hadden meegewerkt, bleef gevangen. Dit werd geheim gehouden om de Kennedy’s te beschermen: men wilde niet een nieuwe kwestie-Powers (de boven de Sovjet-Unie neergeschoten piloot van de U-2).
Kennedy nam de volledige verantwoordelijkheid voor de Varkensbaai-invasie op zich onder het motto dat succes veel ouders heeft, maar dat mislukking een weeskind is. Vreemd genoeg leverde het hem nogal wat politiek krediet op. De vraag of ingrijpen in een soeverein buurland gewettigd was, kwam niet aan de orde. De achtertuin bleef achtertuin, en Castro werd gezien als een zo snel mogelijk te verwijderen indringer. Er stond een vijand op de drempel van Amerika, en het IJzeren Gordijn liep bijna tot op die drempel. Dat vanuit Cubaans perspectief hetzelfde zou kunnen worden gezegd over de kapitalistische contrarevolutie drong niet in het Amerikaanse bewustzijn door.
Bij de viering van het honderdjarige bestaan van de universiteit van Washington in Seattle op 16 november 1961 verklaarde Kennedy dat de VS als vrije samenleving niet de tactieken van moord en terreur kon toepassen. Dat was de waarheid die voor publieke consumptie bestemd was. De clandestiene werkelijkheid was anders: alle middelen waren geoorloofd om het regime in Cuba omver te werpen. Twee weken na de toespraak keurde Kennedy Operation Mongoose goed: een aantal geheime acties gericht op de destabilisering en ontwrichting van de Cubaanse economie. Een suikerfabriek, een olieraffinaderij en een elektriciteitscentrale werden doelwit van sabotage. Deze activiteiten werden ook na de rakettencrisis voortgezet. Een vérgaand onderdeel van Operation Mongoose was operatie Northwoods. De bedoeling was om een Cubaanse terreuraanval op de VS in scène te zetten als rechtvaardiging voor een Amerikaanse inval in Cuba. Het plan werd tot op het hoogste niveau besproken maar door de president afgekeurd.
Dat gold echter niet voor Mongoose als geheel. De leiding ervan berustte bij de attorney general en broer van de president, Bobby Kennedy. Dit was niet gebruikelijk, maar de familie-eer stond na het fiasco van de Varkensbaai op het spel; de Kennedy ’s waren geen papieren tijgers en wilden zichzelf bewijzen. Door een onderzoek van de Senaat onder leiding van senator Church kwam in 1975 aan het licht dat er in het kader van Mongoose minstens acht moordaanslagen op Castro gepland waren. De geheime oorlog van de Kennedy’s tegen Castro schiep een precedent voor andere presidenten en soortgelijke clandestiene operaties, zoals die van Nixon in Laos en Cambodja en die van Reagan in Nicaragua.
Clandestiene operaties zouden alleen maar tot het gewenste doel kunnen leiden als zij ondersteund werden met militaire middelen. Er waren contingency plans voor een invasie in Cuba, die up to date werden gehouden en waarvoor geoefend werd. Bij een van de landingsoefeningen gold een scenario dat een dictator met de naam Ortsac (een omkering van de naam Castro) ten val moest worden gebracht. De VS vond het vanzelfsprekend om verkenningsvluchten boven Cuba uit te voeren. Niemand sprak over de schending van het luchtruim van een soevereine staat. De VS wenste uit te maken welke wapensystemen door de Sovjets werden geleverd en waar deze geplaatst zouden worden.
In de geschiedschrijving van de rakettencrisis is het Cubaanse perspectief verdonkeremaand. De Cubanen hadden alle redenen om zich tegen de openlijke en heimelijke agressie van de VS te verdedigen en daarbij de hulp van de Sovjet-Unie in te roepen. In het Cubaanse verhaal over de rakettencrisis ligt de verantwoordelijkheid voor het ontstaan ervan helemaal bij de VS. Gezien de veelheid van interventies die de VS in Latijns-Amerika pleegde, was de Cubaanse vrees voor een invasie niet slechts een misverstand maar reëel. Castro had een openlijke plaatsing van Sovjet-raketten gewild: er was in het internationale recht geen verbod op zelfverdediging van een staat tegen agressie van buiten. De bewering dat de Cubaanse angst op een misverstand berustte, doet geen recht aan de werkelijkheid van de veelvuldige agressie van de VS.