In Moskou was een machtsstrijd gaande. Malenkov, Chroesjtsjov en Beria leken een onafscheidelijk drietal te zijn. In werkelijkheid spanden Chroesjtsjov en Malenkov samen tegen Beria. Zij schakelden Molotov in en slaagden er met zijn hulp in de rest van het Politbureau te overtuigen dat Beria als hoofd van de geheime dienst het veld moest ruimen. Hij zou gedegradeerd worden tot minister van olie. Het werkelijke plan om Beria te arresteren en uit te schakelen, werd niet met iedereen gedeeld. Men was bang voor Beria. Hij had niet alleen documentatie over Stalins repressie en ieders medeplichtigheid daaraan, maar ook na Stalins dood de lijfwachten van het Politbureau door zijn eigen mensen vervangen. Hij kon zo compromitterend materiaal over zijn collega’s verzamelen, ter aanvulling op wat hij al eerder had bijeengegaard. Bovendien had Beria zijn eigen rol bij de hervormingen onderstreept: hij was de grote initiatiefnemer en de anderen waren nergens. Hij was bezig vertrouwelingen op sleutelposten bij de geheime dienst te benoemen en de vertrouwelingen van zijn collega’s bij die dienst opzij te schuiven. Was Beria misschien bezig een staatsgreep voor te bereiden en een dictatuur te vormen? Achteraf zijn er wel inhoudelijke punten genoemd, waar Beria en zijn collega’s van mening over verschilden. Dat is echter rechtvaardiging achteraf. In werkelijkheid ging het puur om man en macht.
Door de toestanden in de DDR liep de samenzwering tegen Beria even vertraging op, maar op de vergadering van het Politbureau van 26 juni 1953 kwam de uitbarsting. Wist Beria van niets, verraste het tempo van de samenzwering hem, werd hij door de anderen misleid of misleidde hij zichzelf (hij was immers als hoofd van het veiligheidsapparaat onaantastbaar)? In ieder geval stonden, toen de vergadering begon, achter de schermen al hoge militairen en partijbonzen (onder hen ook Leonid Brezjnev) klaar om op een seintje uit de vergadering in actie te komen. Beria had de (slechte) gewoonte om pas op het laatste moment op vergaderingen te verschijnen. Het grote aantal aanwezigen in deze vergadering werd verklaard met het argument dat het om een combinatie van twee vergaderingen ging. Meteen werd een kritieksessie geopend die 2 ½ uur duurde. Alle collectieve beslissingen die verkeerd uitgepakt waren, werden negatief geïnterpreteerd en ten laste van Beria alleen gelegd. Het fiasco in de DDR werd hem in de schoenen geschoven.
Na een geheim seintje kwamen plotseling militairen binnen die Beria van drie kanten omringden, zodat hij niemand meer kon bereiken of om hulp kon vragen. Er was eigenlijk geen ander besluit meer mogelijk dan om Beria gevangen te nemen, al waren er nog steeds leden van het Politbureau die in de waan verkeerden dat het alleen om een degradatie ging. Beria werd afgevoerd. De vergadering besloot vervolgens om hem niet zonder vorm van proces te executeren. Er was een proces nodig als rechtvaardiging van de samenzwering. Hij werd alvast ontheven uit al zijn functies en onder zeer zware bewaking (bij een ontsnappings- of bevrijdingspoging moest hij worden doodgeschoten) in een ondergrondse bunker bij een militair hoofdkwartier opgesloten. Elke poging om met de buitenwereld te communiceren werd in de kiem gesmoord. Een aanklager verzamelde bewijs voor het proces. Het vonnis stond eigenlijk al vast. Het proces begon op 18 december 1953. Op 23 december kwam het doodvonnis dat kort daarna door pistoolschoten van dichtbij werd voltrokken.
De machtsstrijd moest gecamoufleerd worden. Beria kreeg de schuld van de gebeurtenissen in de DDR. Zo werd het gepresenteerd in een speciale vergadering van het Centraal Comité, die begin juli bij elkaar geroepen werd. Zo werd het ook uitgelegd in talloze informatieve bijeenkomsten op het grondvlak om de partijleden op de hoogte te stellen. Van hervormingsmaatregelen en van een eventueel neutraal en gedemilitariseerd Duitsland kon nu uiteraard geen sprake meer zijn. Ulbricht werd in het zadel gehouden en keerde uiteindelijk terug naar zijn rigide koers. Vanuit een minderheidspositie in de partijleiding van de SED heroverde hij met steun van de Sovjet-Unie de macht, zette dissidente leden uit het Politbureau en zette meer dan 15.000 leden uit de SED. De Stasi (Ministerium für Staatssicherheit) kreeg tussen 1953 en 1956 meer dan tweemaal zoveel personeel. Via een netwerk van inoffizielle Mitarbeiter werd de hele samenleving gepenetreerd. De Stasi had uiteindelijk voor een kleinere bevolking meer mensen in dienst dan indertijd de Gestapo.
Langzaam maar zeker werd het de Sovjets duidelijk dat de DDR niet kon overleven zonder forse economische steun. Tijdens het bezoek van een officiële DDR-delegatie aan Moskou (20-22 augustus) overtroffen de Sovjets de verwachtingen van de DDR met een einde aan de herstelbetalingen, het kwijtschelden van de staatsschuld aan Moskou, en het verlagen van de vergoeding die het land moest betalen voor de kosten van de legering van de Sovjet-troepenmacht. Hierdoor kreeg de DDR meer lucht en nam uiteindelijk de onrust af. De Sovjet-invloedssfeer over Oost-Europa was nu bevestigd.
Het voedselprogramma van het westen was effectief geweest, maar alle grote woorden van de VS over interventie, rollback en liberation bleken niet meer dan holle frasen te zijn. Bevrijding, zo concludeerde men in de VS, was alleen mogelijk òf met toestemming van de Sovjet-Unie, òf door het voeren van oorlog. Elke nieuwe poging tot ingrijpen zou de impotentie van het Westen weer zichtbaar maken, dus het was beter om daar van af te zien. Natuurlijk was het gewenst om de satellietstaten los te weken van Moskou, maar premature opstand moest vermeden worden en er mochten geen commitments van de VS worden uitgesproken om ongewenste effecten te voorkomen. Dat werd door de NSC ook vastgelegd.
In het Oostblok werden tot woede van Chroesjtsjov hervormingsprogramma’s verlangzaamd of gesaboteerd door de “kleine Stalins”, die geleerd hadden om gunstiger omstandigheden af te wachten. Zij waren bang dat aanpassingen door hun bevolking zouden worden uitgelegd als teken van zwakheid aan de top. Er kwamen hier en daar in het Oostblok wel economische aanpassingen om de pijn te verzachten, maar politieke hervormingen bleven overal uit. De speelruimte voor de-Stalinisatie bleek beperkt te zijn. De eerste poging was in de DDR uit de hand gelopen en vervolgens bij de afrekening met Beria doodgelopen.
Moskou stelde censuur in om te voorkomen dat de onrust zou overslaan naar de Sovjet-Unie. Alle in de DDR tussen 1945 en 1953 gepubliceerde boeken werden uit de bibliotheken en boekhandels weggehaald. Wat de media aan nieuws over de DDR brachten, werd streng gecontroleerd. Het moreel in de DDR bleef laag. De grens werd afgegrendeld, maar duizenden namen nog steeds de wijk naar de Bondsrepubliek. De maatregelen, kort na Stalins overlijden genomen om het aantal Sovjet-adviseurs bij de veiligheidsdiensten in het Oostblok terug te brengen, werden nu aan Beria verweten en ongedaan gemaakt. Er kwam samenwerking tussen de diverse veiligheidsdiensten, op het gebied van de bestrijding van de guerrilla in de grenslanden en op binnenlands gebied. Voortaan was bij onrust onmiddellijk ingrijpen vereist. Stalin had het Sovjetleger in de DDR al voorbereid en uitgerust voor het bestrijden van civiele onlusten; die maatregel werd nu ook in de andere landen van het Oostblok toegepast. Het laatst gebeurde dat in Hongarije, net op tijd voor de opstand in 1956.
Toen in 1956 de opstanden in Polen en Hongarije uitbraken, leek de DDR haar beurt al gehad te hebben. Er was hier en daar wel onrust, maar van een volksopstand was geen sprake meer. Ulbricht zat vast in het zadel. De Sovjets wilden na de val van Beria geen nieuwe incidenten met de DDR. Ulbricht had vervangen kunnen worden, maar hij had bewezen een harde leider te zijn die in geval van nood niet zou aarzelen om de hulp van de Sovjet-strijdkrachten in te roepen. Het vervangen van Ulbricht zou door het Westen als teken van zwakte kunnen worden opgevat. De DDR was immers de enige staat in het Oostblok met een westelijke tegenhanger.
Door de censuur waren de burgers van de DDR ook niet goed op de hoogte van wat zich in 1956 in Polen en Hongarije afspeelde. De repressie van 1953 en daarna was nog niet vergeten. Ulbricht zelf bleef tot zijn aftreden in 1971 (“om gezondheidsredenen”) waakzaam tegen elke vorm van oppositie. Hij hield de teugels op stalinistische wijze strak in handen. In de leiding van de SED durfde men verschil van mening niet bespreekbaar te maken. Ulbricht had het daarom niet moeilijk om zijn critici uit het Politbureau te verwijderen. De massale uittocht uit de DDR naar het Westen was enerzijds een brain drain, maar betekende anderzijds ook een zuivering: degenen die voor het regime moeilijkheden konden veroorzaken, verdwenen. Tussen 1949 en 1961 namen 2,8 miljoen DDR-burgers de wijk naar het westen, waaronder de complete rechtenfaculteit van de universiteit van Leipzig. Tussen 1951 en 1953 waren het er 447.000; in 1956 alleen al 316.000.