Op 14 september 1979 bleek dat de pogingen van de Sovjet-Unie om de radicalen in Afghanistan tot bedaren te brengen kansloos waren. Amin bracht Taraki ten val en greep de macht (Taraki werd op 8 oktober om het leven gebracht). De Sovjet-Unie was bang om nu elke greep op de gebeurtenissen in Afghanistan kwijt te raken. Als er niet ingegrepen werd zou Amin een manoeuvre à la Sadat kunnen uitvoeren en naar het westen kunnen overlopen. Dat zou weer kunnen betekenen dat de VS toestemming kreeg om kernraketten in Afghanistan te plaatsen als tegenmaatregel tegen het plaatsen van de SS-20 raketten door de Sovjets. Het was natuurlijk wel de vraag of de VS met een ongeleid projectiel als Amin een bondgenootschap zou aangaan, maar zekerheid was er niet; de Amerikanen waren immers al bezig om de Moedjahedien-rebellen te steunen. Op dezelfde dag dat de NATO haar dubbelbesluit nam, hakte men in Moskou de knoop door. Er zou in Afghanistan gewapenderhand ingegrepen worden om het land te pacificeren. Een tweede Iran moest worden voorkomen.
Pas na 1989 kon er een onderzoek naar het proces van deze besluitvorming op gang komen. De beslissing tot ingrijpen in Afghanistan is niet genomen door het plenaire Politbureau, maar door de trojka van Andropov, Ustinov, partij-ideoloog Suslov (en Gromyko en uiteindelijk door Brezjnev). Naderhand is aan de andere leden van het Politbureau gevraagd om hun handtekeningen op het document te plaatsen om het beeld van eenstemmigheid in stand te houden.
De Sovjet-Unie had, toen haar troepen tijdens de kerstdagen Afghanistan binnentrokken, weinig meer te verliezen. De ontspanning was toch al kapot en het klimaat tussen Washington en Moskou was verzuurd. Brezjnev was oud en ziek en eigenlijk niet meer in staat om leiding te geven. Om de diplomatieke schade zoveel mogelijk te beperken, werd bondskanselier Schmidt van te voren vertrouwelijk ingelicht. SPD-politicus Bahr hoorde ervan en vroeg zich af of de hele wereld gek geworden was. De Afghaanse leider Amin werd door Sovjet-commando’s geëxecuteerd. In Kaboel werd een nieuw bewind geïnstalleerd onder leiding van Babrak Karmal die uit Tsjechoslowakije werd teruggehaald. De communistische partij kwam onder curatele van Moskou te staan en moest een eenheidsbeweging gaan vormen.
De Sovjet-Unie hoopte op deze manier Pakistan en Iran op afstand te kunnen houden. Karmal diende een brede coalitie om zich heen te verzamelen en een gematigde hervormingskoers te gaan volgen. Men hoopte in Moskou dat een kortstondige militaire operatie dit zou kunnen bewerkstelligen. Moskou dacht niet aan een jarenlange oorlog in Afghanistan. Het in het zadel helpen en houden van het nieuwe bewind van Karmal kostte echter veel meer inspanning dan begroot was. De tegenstanders van het bewind weigerden op voorstellen tot verzoening in te gaan. De inval van de atheïstische Sovjets was voor de moslimfundamentalisten nu juist een reden om hun rebellie te intensiveren.
De inval werd wereldwijd scherp veroordeeld. Zij vormde een keerpunt in de Koude Oorlog en markeerde het einde van de détente. De Sovjet-Unie en het communisme liepen er grote reputatieschade door op. Voor de CIA werd het bewapenen van de Moedjahedien het grootste project uit haar geschiedenis. In de VS werd de invasie opgevat als onderdeel van een strategische opmars van de Sovjet-Unie en als een nederlaag voor het westen. Het tegengas dat George Kennan in de NYT van 2 februari 1980 gaf (de Sovjet-Unie had geen offensieve, maar defensieve bedoelingen) woog niet op tegen de talrijke publicaties en de toenemende invloed van het Committee on the Present Danger. Ook Carter deed volop mee aan de paniekzaaierij en de laatste sporen van de ontspanning verdwenen. Hij verklaarde in een tv-toespraak van 4 januari 1980 dat Afghanistan van strategisch belang was, dat Iran en Pakistan bedreigd werden en dat de Sovjet-Unie bezig was aan een opmars naar de olievelden in het gebied van de Perzische Golf. Wilde Carter zijn verbale spierballen tonen om zijn machteloosheid bij het gijzelingsdrama in Iran te compenseren? De president vroeg om opties en zette deze (tot verbazing van zelfs Brzezinski) alle om in beleid.
De defensiebegroting werd sterk verhoogd. De ene boycot volgde op de andere economische strafmaatregel, alsof de door de VS gesteunde islamisten een beter alternatief voor Afghanistan vormden dan de door Moskou gesteunde communisten. Carter verzweeg dat de VS zich al in de interne aangelegenheden van Afghanistan had gemengd vóórdat de inval door de Sovjet-Unie had plaatsgevonden. Hij trok zelfs de religieuze kaart in zijn tv-toespraak: een machtige atheïstische regering was bezig een onafhankelijk moslimvolk te onderwerpen. De VS moest er volgens deskundigen alles aan doen om de boodschap uit te stralen dat de democratie in de VS wel degelijk met de islam te verenigen was. De boodschap van Khomeini vond immers veel weerklank in de islamitische wereld. Er was een charmeoffensief nodig met op de moslimwereld gerichte radio-uitzendingen. Dat in het zuiden van de Sovjet-Unie een groot aantal achtergestelde moslim-minderheden woonde, was in het propagandaoffensief mooi meegenomen. Het was volgens Brzezinski de Achilleshiel van de Sovjet-Unie. Organisatorisch was het project van de radio-uitzendingen de onder Carter gebruikelijke warboel, maar de uitzendingen gingen door. Inhoudelijk was het project op de lange termijn geen succes en keerde het zich zelfs tegen de belangen van de VS: de Moedjahedien waren goede verstaanders en hadden aan halve radioboodschappen over jihad, umma en strijd tegen het imperialisme al genoeg om zich uiteindelijk tegen Amerika te keren.
Met het omvallen van Iran als bondgenoot lag de Nixon-doctrine, waarbij de bondgenoten in de regio in eerste instantie zelf verantwoordelijk waren voor hun defensie, aan scherven. Met de sjah was ook de politieagent die de Amerikaanse oliebelangen bewaakte, verdwenen. Prompt verklaarde Carter in zijn State of the Union van 23 januari 1980 dat de Perzische Golf tot de vitale belangen van de VS behoorde en dat een aanval op dit gebied met alle mogelijke middelen zou worden afgeslagen. De VS stelde zichzelf verantwoordelijk voor de verdediging van de regio tegen inmenging van buiten af. Hoe breed de Amerikaanse veiligheidsgarantie was, liet Carter in het midden: het was niet duidelijk of Pakistan er ook onder viel. De relatie met Pakistan kreeg een upgrade en via Pakistan werden de Afghaanse rebellen op steeds grotere schaal gesteund.